Kota Waisai adalah sebuah nama distrik di Kabupaten Raja Ampat, Provinsi Papua Barat Daya
Distrik Kota Waisai ini terdiri dari 4 kampung , yaitu sebagai berikut:
Berikut ini adalah nama-nama wilayah lain yang mempunyai kemiripan nama sebagian atau keseluruhan dengan Kota Waisai.
